W strukturach wydziału znajdują się referaty, które zajmują m.in.: współpracą z sektorem organizacji pozarządowych, partycypacją obywatelską, projektami i inicjatywami społecznymi, problematyką młodzieży i seniorów, programami integracji społecznej, koordynacją spraw związanych z krakowskim budżetem obywatelskim i udzielaniem nieodpłatnej pomocy prawnej. W zakresie współpracy z organizacjami pozarządowymi wydział nadzoruje funkcjonowanie krakowskich fundacji i stowarzyszeń oraz realizowanymi przez nie zadaniami publicznym. Ważnym aspektem funkcjonowania wydziału jest także współpraca i koordynowanie działalności rad o charakterze opiniodawczo-doradczym, które funkcjonują w Krakowie oraz nadzór nad Miejskim Centrum Dialogu (BIP Miasto Kraków, online).